Khử trùng bằng nồi hấp bao gồm ba giai đoạn riêng biệt:
Loại bỏ không khí: Trong giai đoạn đầu này, nồi hấp sẽ loại bỏ không khí ra khỏi buồng. Một máy bơm chân không hút không khí ra ngoài, tạo ra môi trường áp suất thấp. Bước này đảm bảo rằng hơi nước có thể xâm nhập vào tất cả các khu vực một cách hiệu quả và đạt tới tải trọng để khử trùng đúng cách.
Khử trùng: Sau khi loại bỏ không khí, nhiệt độ bên trong nồi hấp sẽ đạt đến mức chính xác. Hơi nước bão hòa được tạo ra dưới áp suất sẽ tiêu diệt vi khuẩn, vi rút và các vi sinh vật khác. Nhiệt độ thông thường để khử trùng là 121 độ ở áp suất 1,1 kg/cm2 (kg/cm2) (tương đương 15 pound/inch vuông (lb/in2)). Thời gian hấp khử trùng thay đổi tùy thuộc vào khối lượng tải nhưng thường được coi là 15-20 phút.
Làm mát/Sấy khô: Sau khi khử trùng, hơi nước thoát ra và nồi hấp nguội đi. Khi nhiệt độ đã đạt đến mức an toàn, cửa sẽ mở và các vật dụng đã tiệt trùng sẽ sẵn sàng để sử dụng.
Loại bỏ không khí hiệu quả, đặt vật phẩm đúng vị trí và thời gian gia nhiệt thích hợp là rất quan trọng để khử trùng bằng nồi hấp thành công.